Integrative epigenome-wide analysis demonstrates that DNA methylation may mediate genetic risk in inflammatory bowel disease

Ventham, N. T.; Van, Den Heuve; Modig, E.; Zoldoš, V.; Törkvist, L.; Danese, S.; Lionetti, P.; Kammeijer, G. S. M.; Bayes, M.; Ekeland, G. S.; Ekman, D.; Campbell, H.; Theorodorou, E.; Rudan, I.; Noble, C. L.; Evenden, L.; Krištic, J.; Manetti, N.; You, P.; Vojta, A.; Lindstrøm, J. C.; Lees, C. W.; Sundell, M.; Latiano, A.; Heath, S.; Ho, G. -T; Ocklind, A.; Casén, C.; Veillard, A.C.; Hjelm, F.; Keita, A. V.; Murphy, L.; Adams, A. T.; Pierik, M.; Ricanek, P.; Kolarich, D.; Gut, I. G.; Gornik, O.; Klasic, M.; Vatn, S.; Gullberg, M.; Gomollón García, Fernando; Moen, A. E. F.; Shand, A. G.; Boyapati, R.; Shubhakar, A.; Annese, V.; Fawkes, A.; Kennedy, N. A.; Arnott, I. D.; Lauc, G.; Sturniolo, G.; Samaržija, I.; Sabatel, C.; Andriulli, A.; Halfvarson, J.; Söderholm, J. D.; Drummond, H.; Cantoro, L.; Markulin, D.; Kalla, R.; Poncelet, D.; Vuckovic, F.; Jonkers, D.; Fernandes, D. L.; Wuhrer, M.; Lindahl, T.; O''Leary, K. R.; Štambuk, J.; Dobrinic, P.; Hjortswang, H.; Wilson, D. C.; Merrick, V.; Gut, M.; Nordberg, N.; De Haan, N.; Fiorino, G.; Pettersson, E.; Tannæs, T. M.; Bergemalm, D.; Schoemans, R.; D'Amato, M.; Permberton, I. K.; Satsangi, J.; Gilchrist, T.; Dahl, F. A.; Gardner, R. A.; Ciemniejewska, E.; Pucic-Bakovic, M.; Dunlop, M. G.; Novokmet, M.; Vatn, M. H.; D''Incà, R.; Doran, R.; Aulchenko, Y.; Jahnsen, J.; Detlie, T. E.; Akmacic, I. T.; Nimmo, E. R.; Frengen, A. B.; Kohn, A.; Spencer, D. I.; Wrobel, N.; Sølvernes, J.; McGovern, D. P. B.; Gibson, J.; Clerc, F.

doi:10.1038/ncomms13507

Integrative epigenome-wide analysis demonstrates that DNA methylation may mediate genetic risk in inflammatory bowel disease

Ventham, N. T. ; Kennedy, N. A. ; Adams, A. T. ; Kalla, R. ; Heath, S. ; O''Leary, K. R. ; Drummond, H. ; Wilson, D. C. ; Gut, I. G. ; Nimmo, E. R. ; Satsangi, J. ; Lauc, G. ; Campbell, H. ; McGovern, D. P. B. ; Annese, V. ; Zoldoš, V. ; Permberton, I. K. ; Wuhrer, M. ; Kolarich, D. ; Fernandes, D. L. ; Theorodorou, E. ; Merrick, V. ; Spencer, D. I. ; Gardner, R. A. ; Doran, R. ; Shubhakar, A. ; Boyapati, R. ; Rudan, I. ; Lionetti, P. ; Akmacic, I. T. ; Krištic, J. ; Vuckovic, F. ; Štambuk, J. ; Novokmet, M. ; Pucic-Bakovic, M. ; Gornik, O. ; Andriulli, A. ; Cantoro, L. ; Sturniolo, G. ; Fiorino, G. ; Manetti, N. ; Latiano, A. ; Kohn, A. ; D''Incà, R. ; Danese, S. ; Arnott, I. D. ; Noble, C. L. ; Lees, C. W. ; Shand, A. G. ; Ho, G. -T ; Dunlop, M. G. ; Murphy, L. ; Gibson, J. ; Evenden, L. ; Wrobel, N. ; Gilchrist, T. ; Fawkes, A. ; Kammeijer, G. S. M. ; Clerc, F. ; De Haan, N. ; Vojta, A. ; Samaržija, I. ; Markulin, D. ; Klasic, M. ; Dobrinic, P. ; Aulchenko, Y. ; Van, Den Heuve ; Jonkers, D. ; Pierik, M. ; Vatn, S. ; Ricanek, P. ; Jahnsen, J. ; You, P. ; Sølvernes, J. ; Frengen, A. B. ; Tannæs, T. M. ; Moen, A. E. F. ; Dahl, F. A. ; Lindstrøm, J. C. ; Ekeland, G. S. ; Detlie, T. E. ; Keita, A. V. ; Söderholm, J. D. ; Hjortswang, H. ; Halfvarson, J. ; Bergemalm, D. ; Gomollón García, Fernando (Universidad de Zaragoza) ; D'Amato, M. ; Törkvist, L. ; Hjelm, F. ; Gullberg, M. ; Nordberg, N. ; Ocklind, A. ; Pettersson, E. ; Ekman, D. ; Sundell, M. ; Modig, E. ; Veillard, A.C. ; Schoemans, R. ; Poncelet, D. ; Sabatel, C. ; Gut, M. ; Bayes, M. ; Casén, C. ; Lindahl, T. ; Ciemniejewska, E. ; Vatn, M. H.

Resumen: Epigenetic alterations may provide important insights into gene-environment interaction in inflammatory bowel disease (IBD). Here we observe epigenome-wide DNA methylation differences in 240 newly-diagnosed IBD cases and 190 controls. These include 439 differentially methylated positions (DMPs) and 5 differentially methylated regions (DMRs), which we study in detail using whole genome bisulphite sequencing. We replicate the top DMP (RPS6KA2) and DMRs (VMP1, ITGB2 and TXK) in an independent cohort. Using paired genetic and epigenetic data, we delineate methylation quantitative trait loci; VMP1/microRNA-21 methylation associates with two polymorphisms in linkage disequilibrium with a known IBD susceptibility variant. Separated cell data shows that IBD-associated hypermethylation within the TXK promoter region negatively correlates with gene expression in whole-blood and CD8+ T cells, but not other cell types. Thus, site-specific DNA methylation changes in IBD relate to underlying genotype and associate with cell-specific alteration in gene expression.
Idioma: Inglés
DOI: 10.1038/ncomms13507
Año: 2016
Publicado en: NATURE COMMUNICATIONS 7 (2016), 13507 [14 pp]
ISSN: 2041-1723
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/EUR/FP7/2858546-IBD-CHARACTER
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/EUR/FP7/305479-IBD-BIOM
Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Área (Departamento): Medicina (Departamento de Medicina, Psiquiatría y Dermatología)

Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace.

0
Exportado de SIDERAL (2017-01-16-12:01:09)

Este artículo se encuentra en las siguientes colecciones:
Artículos > Artículos por área > Medicina

Visitas

Volver a la búsqueda

Registro creado el 2017-01-16, última modificación el 2017-01-16

Enlaces externos:

Versión publicada

Valore este documento:

(Sin ninguna reseña)

Añadir a una carpeta personal
Exportar como BibTeX, MARC, MARCXML, DC, EndNote, NLM, RefWorks

SERVIDOR DE DESARROLLO

Integrative epigenome-wide analysis demonstrates that DNA methylation may mediate genetic risk in inflammatory bowel disease